Andre Generasjon NLP dukket opp på midten av 1980 tallet. NLP utvidet og inkluderte forhold utover den terapeutiske rammen. Selv om individet fortsatt var i hovedfokus, ble det nå lagt større vekt på relasjonen mellom individet og andre. Dette ble utvidet til å inkludere applikasjoner og modeller innenfor områder som forhandlinger, salg, utdanning og helse.

Verktøyene i andre generasjon NLP utviklet seg også til å inkluderer endringer på høyere logiske nivå, som tro, verdier og ”meta programmer”. Et ”meta program” er et program eller strategi som guider og styrer andre tanke prosesser. Vi kan si at de definerer vanlige og typiske mønster i de strategiske tankemønster til et individ, en gruppe eller en kultur. Meta programmer definerer vår generelle tilnærming til en situasjon og ikke de spesifikke detaljene i våre tankeprosesser. Meta program mønster er beskrivelser av ulke måter for eksempel et problemområde, eller elementer innefor et problemområde kan angripes. Enklere sagt kan vi si at meta program avdekker og beskriver i hvilke retning vi tenker. I vår daglige tale forklarer vi meta program ved å stille spørsmålet; er glasset halvfullt eller er det halvtomt.

Andre generasjon NLP teknikker integrerte også bruken av nye prinsipper som tidslinjer, submodaliteter og perseptuelle posisjoner.