Siden 1990 tallet har tredje generasjon NLP utviklet seg. Anvendelsesområdene til tredje generasjon NLP er generative, systemiske og fokuserer på overordnede områder som identitet, visjon og misjon. Tredje generasjon NLP anvendes på hele systemer og er et like viktig og verdifullt verktøy for organisasjoner som for individer og grupper.

Viktig nytt i tredje generasjon NLP er forståelse av og bruk av systemtenking. Systemtenking er kunsten og vitenskapen om å forutsi og øve innflytelse på et hvilke som helst system ved og forså de underliggende strukturene. Et systems atferd avhenger av dens struktur, og ikke dens grunnleggende deler, så system tenking passer til alle systemer. NLP er en studie av strukturen i de subjektive erfaringene. Modellene i tredje generasjon NLP er like anvendelige ved organisasjonsutvikling og kulturell utvikling som de er ved utvikling og endring av individer eller team.

Tredje generasjons NLP teknikker er generative og ”field-based” som betyr at de baserer seg på prinsipper om selvorganisering og det vi betegner som ”fjerde posisjon” eller et helhetlig systemperspektiv. Når det gjøres en endring genereres det flere forandringer på ulike nivåer utover i et system. Med tredje generasjons NLP verktøy gjør det mulig å foreta en systemendring, for eksempel kulturendring og ha en bevisst forståelse og kontroll over de menneskelige prosessene. Verktøyene er glimrende ved for eksempel fusjoner og oppkjøp.